学校办学历史可追溯到 1902 年创办的三江师范学堂,后历经两江师范学堂、南京高等师范学校、国立东南大学、国立第四中山大学、江苏大学、国立中央大学、国立南京大学等时期。
1952 年全国高校院系调整,以南京大学工学院为主体,并入金陵大学、江南大学等有关院系,组建南京工学院(现东南大学)。
1958 年,南京工学院食品工业系整建制东迁无锡,成立无锡轻工业学院(现江南大学);同年,南京工学院在丁家桥校区建立化工系,后发展为南京化工学院。
1981 年,经国务院批准,学校成为全国首批具有博士、硕士学位授予权的单位。
2001 年,南京化工大学与南京建筑工程学院合并,组建南京工业大学。